Das Problem, daß NetBeans beim Verwenden des Tomcat nicht gleich so will wie der Benutzer trifft wohl noch mehrere.
Nachdem Tomcat installiert wurde findet man durch whereis und Konsorten folgende Verzeichnisse heraus: /usr/share/tomcat6 und /etc/tomcat6. NetBeans will bei der Serverregistrierung aber mit beiden nicht funktionieren und sagt entweder daß das Verzeichnis ungültig ist oder die Datei $CATALINA_HOME/server.xml nicht gelesen werden kann. Seltsam ist, daß die Dateien welche wohl in $CATALINA_HOME liegen sollten sich in /usr/share/tomcat6/bin befinden, die Datei server.xml und andere Konfigurationsdateien aber in /etc/tomcat6. Um die Verwirrung komplett zu machen gibt es noch das Verzeichnis /var/lib/tomcat6, welches komischerweise durch whereis nicht angezeigt wird und in dem sich schon mal korrekte Symlinks zu obigem /conf/-Verzeichnis befinden. NetBeans mag diesen Pfad aber auch nicht.
Die Lösung: Im Verzeichnis /usr/share/tomcat6 legt man durch

sudo ln -s /etc/tomcat6/ conf

einen Link, so daß NetBeans diesen Pfad akzeptiert und die Sache läuft.